L’UPVD est une université pluridisciplinaire favorisant l’égalité des chances, avec un fort ancrage territorial en Occitanie Pyrénées-Méditerranée : 4 sites à Perpignan et 4 autres dans les Pyrénées-Orientales (Canet, Tautavel et Font-Romeu, Port-Vendres), 3 sites dans l’Aude (2 à Narbonne et 1 à Carcassonne) et deux sites délocalisés à Paris et au Maroc.
Comptant environ 9500 étudiants dont 350 doctorants, l’UPVD emploie près de 450 personnels enseignants-chercheurs et enseignants, 400 personnels administratifs et techniques et plus de 600 vacataires. L’université compte 5 facultés et 3 instituts. Forte de ses 17 laboratoires dont beaucoup sont liés à des instituts nationaux (ex. CNRS), de ses deux fédérations de recherche, de ses écoles doctorales, l’UPVD est en pointe sur les enjeux sociétaux actuels, notamment la transition écologique, la biodiversité et l’adaptation des plantes aux changements climatiques. Ses axes de recherche concernent plus généralement le monde du vivant, les sciences et techniques, les lettres et sciences humaines mais également le droit, les sciences économiques et le management. L’UPVD compte également une Fondation Universitaire.
Le contractuel se concentrera sur l'élucidation des deux points suivants :
Les modèles d'héritabilité des marques épigénétiques spécifiques (méthylations de l'ADN) et leur co-héritabilité avec les variants de séquence. La technologie Oxford Nanopore (ONT) sera utilisée pour suivre l'héritabilité des séquences d'ADN et des méthylations dans les familles des générations F0-F1-F2. Cette technique permet une caractérisation des marques épigénétiques spécifiques aux haplotypes. L'analyse de la méthylation de l'ADN visera à identifier les régions différentiellement méthylées (DMR) dans les lignées parentales consanguines et à suivre ces régions à travers les générations F1 et F2 pour étudier la ressemblance parent-enfant en termes de méthylation et les principes de la transmission épigénétique (c'est-à-dire l'équivalent méthylation de l'hétérozygotie).
La possibilité que la dépression de consanguinité (ID) se produise avec une hétérozygotie extrêmement faible et dans quelle mesure l’information épigénétique corrèle avec l'ID observée dans ces conditions. L'analyse MBD-seq sera utilisée pour épi-génotyper 150 individus F2 afin de (i) évaluer si l'hétérozygotie génétique varie entre les individus auto-fécondés, croisés entre frères et sœurs, et croisés entre cousins et (ii) déterminer si ces groupes diffèrent en termes de pattern de méthylation.
Les échantillons biologiques sont disponibles pour les 2 missions. Les données phénotypiques seront générées dans un workpackage parallèle. Le post-doctorant participera à des expériences de biologie moléculaire de base, comprenant l'extraction d'ADN et la construction de bibliothèques, ainsi qu'au traitement bio-informatique des données des échantillons séquencés.
LE PROJET
Le post-doctorant ou l'IGR participera au projet ANR FRIDA (Fast-Renewed Inbreeding Depression in Animals, Projet No. ANR-23-CE02-0033-01).
L'objectif du projet FRIDA est d'explorer de nouvelles idées concernant la vitesse à laquelle la dépression de consanguinité (ID pour Inbreeding Depression) peut apparaître et sa persistance potentielle en l'absence de variation génétique due à l'héritabilité épigénétique. Deux caractéristiques suggèrent que la composante épigénétique pourrait jouer un rôle en tant que source de dépression de consanguinité rapidement générée (FRID pour Fast-Renewed Inbreeding Depression) (i) la capacité de générer rapidement une variation héréditaire et (ii) une tendance à revenir à des états ancestraux au fil des générations.
Le modèle d’étude est Physa acuta, un escargot hermaphrodite simultané connu pour son niveau élevé de dépression de consanguinité dans les populations naturelles. P. acuta peut également s'auto-féconder lorsqu'aucun partenaire n'est disponible.
Dans une tâche précédente, nous avons créé des lignées hautement consanguines en générant 28 générations autofécondantes et nous avons croisé deux de ces lignées pour produire un "clone outbred" F1.
Étant donné que toute la progéniture F1 devrait être génétiquement identique, les individus F2 auto-fécondés et croisés devraient présenter le même niveau d'hétérozygotie, sauf pour les nouvelles mutations qui auraient pu se produire dans les générations récentes. Cependant, une dépression de consanguinité significative a été observée, indiquant que la dépression de consanguinité peut se développer beaucoup plus rapidement que prévu en se basant sur les taux typiques de mutations délétères.
Le projet vise à étudier les compositions génomiques et épigénomiques des descendances consanguines et non consanguines pour tester l’implication des deux composantes génétiques et épigénétiques de la FRIDA.
Si le candidat retenu rempli les conditions fixées par le décret 2021-1450 du 4/11/21, un contrat POST-DOCTORAL, sera conclu, à défaut ce sera un "contrat de projet" IGR - INM 465.
Le postulant doit être titulaire d'un doctorat.
Connaissances :
Une formation conceptuelle en écologie, biologie évolutive et/ou génétique des populations est nécessaire, et un intérêt pour l'épigénétique sera apprécié. Une expérience dans la rédaction de publications scientifiques et les présentations orales scientifiques est requise.
Savoir-faire :
Une expérience en séquençage de nouvelle génération et en bio-informatique est requise. Une compétence de base en biologie moléculaire sera appréciée.
Savoir être :
La personne recrutée sera tenue de participer aux réunions et d'échanger avec les scientifiques d'autres projets.
Encadrement :
Le(a) post-doctorant(e) participera au projet ANR FRIDA, dirigé par le Dr. Patrice David (CEFE). Il sera impliqué dans le Work Package 4, intitulé "Génomique et épigénomique des individus consanguins." La génération et le traitement des données ONT seront réalisés sous la supervision du Dr. Aline Muyle (CEFE), tandis que la génération et le traitement des données MBD-seq seront supervisés par Christoph Grunau (Dr. à l'UPVD) et Céline Cosseau (Dr. à l'UPVD). Les deux laboratoires partenaires, CEFE et IHPE, fourniront les conditions les plus adaptées pour les expériences de laboratoire et le traitement des données. Le post-doctorant sera également impliqué dans la supervision de stages étudiants.
Le(a) post-doctorant(e) sera principalement basé à Perpignan (IHPE). Il/Elle devra se déplacer régulièrement et passer du temps à Montpellier (CEFE) pour la formation aux analyses ONT et pour échanger avec les partenaires de l'ANR.
DOSSIER DE CANDIDATURE
Le dossier doit être composé d'une lettre de motivation, d'un CV et de 2 références professionnelles, à faire parvenir à :
Christoph GRUNAU, directeur du laboratoire IHPE
Patrice DAVID, CNRS, responsable scientifique du projet,
Céline COSSEAU, UPVD, référent du projet,
Si doctorat depuis moins de 3 ans
CONTRAT POST-DOCTORAL
2.380 € bruts
Sinon CONTRAT DE PROJET
CDD d’ingénieur de recherche
Rémunération selon expérience
jusqu’à 5 ans d’expérience -> 2.310 €
+ de 5 ans -> 2.440 €